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　医療機関の税務として消費税の次に挙げられる特徴として事業税と租税特別措置法による概算経費の計算についてが挙げられます。社保診療報酬・国保診療等の保険診療部分については事業税が非課税となります。個人事業税については、原則として（事業収入－事業経費－事業主控除）×5％が課せられますが、保険診療部分については非課税となっております。医療法人についても法人事業税等の計算から保険診療部分の所得部分の計算が除外されます。これらの制度については、医療機関にとって大きなメリットと言えます。また、保険診療の収入が5,000万円以下で自費収入と合せた収入金額が7,000万円以下の場合には、実際の経費で所得を計算せず、一定の率を掛けた概算経費を実際の経費としてみなす計算方法を採用することもできることも比較的規模が小さい医療機関にとってはメリットと言えます。こちらの計算方法は医療法人についても収入条件を満たせば対象となるのですが、役員報酬も経費となるため実額の経費の方が概算の経費より高くなるケースが大多数のため、医療法人ではほとんど採用されません。

　医療機関にとって、税務調査は無縁とは言えません。世の中の中小企業は赤字の企業が7割を超えていると言われています。医療機関については、初年度を除いて黒字になるケースが多数となり課税所得も一般企業と比較して大きくなる傾向になり、税務調査の対象に選定されることもあります。私の肌感覚にもなりますが、医療機関の中でも自費の割合が高い診療科目を営んでいる医療機関が税務調査の対象となるケースが多いと思われます。税務調査官にとっては、法人税、所得税だけでなく、消費税も調査対象とした方が追加の税金を払わせる可能性が高くなります。そのため、自費の割合が高く消費税の納税義務を負っている医療機関を調査対象とする方が調査官にとって効率が良いのです。また、税務調査において売上の計上漏れについてチェックされますが、保険診療については請求した金額が2ヶ月後に入金されるためその金額を除外することは困難です。そのため、意図的に売上を計算から除外するケースは自費についてのものとなることが考えられ自費の割合が高い医療機関に調査が入るケースが多いのです。税務調査が入った場合には、まず売上が正しく計上されているかを見られ、次に仕入、人件費、交際費等の経費をチェックされます。売上が正しく計上されていることは基本になりますので、日々の売上の計上、入金の流れを正しく行えるような仕組みをつくることが重要だと思われます。経費については、交際費等においてプライベートの支出がないかチェックされます。領収書等には、誰とどのような目的で飲食をしたか等を漏れなく記載していることが重要になります。また、医療機関が所有する車両については高価なものであるケースがあります。高価なものが必ずしも経費化が認められないわけではないのですが、個人の場合は全額を経費として計上することは認められないので、プライベートの使用割合を考慮して、経費割合を設定すること、医療法人についても台数や使用目的が法人としてふさわしいかなどがポイントとなりますので顧問税理士と良く相談しながら経費化をしていくことをおすすめします。